Située entièrement dans la partie septentrionale du Mali entre le 15ème parallèle de latitude Nord ; entre le 3ème et le 4ème degré de la longitude Ouest, les activités économiques de la région de Toumbouctou sont basées essentiellement sur l’agriculture, avec pour principales cultures pratiquées le petit mil, le sorgho, le riz, le blé, le maïs, l’arachide, le gombo, l’oignon, la patate, le manioc, le courge/courgette, la pastèque, le melon, le chou, la carotte, le niébé, l’igname, le tabac, le piment, le poivron, la tomate, la pomme de terre, les concombre, la betterave, l’anis et le cumin.
La population est répartie entre 5 cercles (Tombouctou, Diré, Niafunké, Gourma Rharous et Goundam), 52 communes et 969 villages.
L’hivernage est de courte durée et varie, du Nord au Sud, de deux à quatre mois. L’écart de la température varie entre 10 et 30°c suivant la saison. La moyenne pluviométrique dépasse difficilement 200mm et le nombre de jours de pluie n’atteint pas 30 jours.
Quant à l’hydrographie, elle était jadis assez étalée dans la région avec les nombreux lacs inondés. Actuellement, on ne peut citer que le fleuve Niger avec ses principaux bras qui sont : le Bara Issa et l’Haoussa Issa, puis les marigots tels que le farabango, à partir duquel partent les marigots de Bourem et celui de Tassakan qui se joingnent à Goundam pour constituer un seul bras allant inondé les lacs Télé et Faguibine. Comme lacs on distingue ceux encore inondés : Horo, Fati, Télé, Faguibine, Tkara, Tanda et Kabara et ceux asséchés : Kamango, Harobomo, Dô et Niangaye en grande partie.
La seule mare permanente est celle de Gossi et les saisonnières sont Inadiatafane, Banzéna, Tintis, Bambo, pouvant contenir de l’eau de juillet à Avril soit dix mois sur douze. Toutes les eaux du fleuve, de ses bras et des lacs sont saines. Celles des mares portent des pollutions bactériologiques.
Le potentiel aménageable de la région, identifié par le Projet d’Appui aux Services Agricoles et aux Organisations paysannes (PASAOP) de 2004 à 2006, est estimé à 285 000ha.
